受《隋唐演义》等文学作品影响，许多读者习惯将秦琼视为李唐王朝的头号功臣，认为他应在功成名就后获得李渊、李世民最丰厚的褒奖。然而，历史事实却显示，秦琼的国公爵位并未能世袭，这与同批开国功臣如程咬金相比，差距显著。那么，唐太宗李世民是否真的亏待了这位传奇将领？
要解开这个谜团，需从玄武门之变说起。这场政变结束后，唐高宗李渊在太子李建成、齐王李元吉被杀的现实下，被迫将权力移交秦王李世民。但人事任命并非一蹴而就，其中暗藏玄机。
第一批次人事安排集中在太子府：宇文士及、长孙无忌、杜如晦、高士廉、房玄龄、尉迟恭、程知节（即程咬金）、虞世南、褚亮、姚思廉等担任要职，而秦琼并未入选。值得注意的是，尉迟恭和程咬金负责统领太子府安保部队，预示他们将成为李世民军事上的核心心腹。
第二批次才轮到秦琼，他与尉迟恭、程咬金一同被安排：秦琼任左武卫大将军、程咬金任右武卫大将军、尉迟恭任右武候大将军。表面看，三人职位平起平坐，似乎秦琼深受重用。但深入分析大唐兵制，方能洞见真相。
唐代沿袭隋制，采用府兵制，天下兵马主要由“十六卫”掌控。左武卫、右武卫、右武候等“十二卫”长官虽“遥领”全国折冲府，却无法直接指挥非京师的府兵——真正兵权归于皇帝，只有他任命的元帅才拥有战时指挥权。换言之，这些折冲府名义上归属大将军，但实际调动需皇帝许可。
尽管如此，左武卫大将军、右武卫大将军、右武候大将军并非全无兵权：他们可直接掌控戍卫京师的府兵，保护皇帝与都城安全。然而，这些京师府兵从各地折冲府轮流选调，并非大将军的嫡系部队。因此，大将军虽有部分兵权，但根基不稳，核心权力仍握于皇帝之手。
综合来看，左武卫等职位虽重要，但仅代表有限兵权。真正掌握兵权的，取决于皇帝战时的元帅选派。第一、二批次安排的对比揭示：尉迟恭和程咬金才是李世民认可的军事二把手，具备元帅潜质；而秦琼虽受重用，却未达心腹级别。
历史印证了这一推论。贞观初期，尉迟恭和程咬金是最受重用的军事将领，屡立战功；而秦琼却寸功未立，史书亦无相关记载。军事上，显然秦琼未被李世民重用。
此后，秦琼的唯一记载是贞观十二年病逝。他死时仍顶着唐高祖李渊所封的翼国公爵位，直到贞观十三年，李世民才将其改为胡国公，但性质依旧是不得世袭。贞观十七年，凌烟阁二十四功臣画像列名，秦琼屈居末位。
这些迹象揭示两点：第一，秦琼在玄武门之变前战功赫赫，之后却归于沉寂。因此，其综合贡献无法与程咬金等贞观年间仍活跃的功臣相比——程咬金长寿且战功不断，直到唐高宗时期仍受重用。第二，秦琼在玄武门之变中或有功劳，但实际作用有限，甚至可能是“打酱油”角色。魏征曾评价秦琼“只忠于大唐，不忠于个人”，这种中立立场注定难成李世民心腹。因此，李世民对秦琼的权力限制，以及凌烟阁排名的末尾处理，均情有可原。
最终结论是：秦琼的综合战功远低于程咬金，玄武门之变贡献又少，且非李世民心腹。在赏罚分明的唐太宗这里，他自然无缘最高级的世袭国公爵位，只能死后追改同级国爵以表恩宠。所以，并非李世民亏待秦琼，而是后者贡献所值，只得如此封赏。
