公元1645年，即南明弘光元年，中原鼎革之际，偏远的云南也陷入了一场深刻的地方危机。这场因土司叛乱而起，最终由一支意想不到的力量平定的动乱，深刻影响了明末西南的政局走向，史称“沙普之乱”。
1645年九月，武定土司吾必奎趁中原板荡、明朝中枢崩塌之际，悍然发动叛乱。他宣称“朱皇帝都没了，哪还有什么沐国公”，公然挑战统治云南两百余年的沐王府权威。叛军迅速攻陷大姚、定远、姚安等地，震动全滇。时任黔国公沐天波紧急调集石屏土司龙在田、蒙自土司沙定洲等各地土司武装，于当月合力镇压，擒获吾必奎及其党羽。
然而，危机并未解除，更大的阴谋正在酝酿。沙定洲是王弄土司沙源之子，在娶了阿迷州土司普名声的遗孀万氏后，合并了两土司势力，实力骤增。他暗中以谋士汤嘉宾为核心，窥伺着沐王府与云南地方官僚之间的矛盾，以及各土司的离心倾向，策划着一场夺取云南最高权力的政变。叛乱平息后，沙定洲的军队故意滞留省城昆明。沐天波因其父沙源过往的“忠贞”表现而未加防备，多次在黔国公府设宴款待。沐府累世积聚的惊人财富、昆明薄弱的守备以及统治集团内部的分裂，让沙定洲看到了千载难逢的机会。
1645年十二月初一，沙定洲部署妥当，以辞行为名，亲率士卒突袭黔国公府，同时分兵占领昆明各门。事变猝不及防，沐天波仅在心腹护卫下携带官印、铁券等物仓皇西逃，最终在楚雄得到金沧兵备道杨畏知的庇护，暂时安顿。其母与妻子未能逃脱，于尼庵中自尽殉节。
占领昆明后，沙定洲自称“总府”（即黔国公代称），其妻万氏称“主母”，公然舆驾出入，拜会官绅，意图取代沐氏地位。他发兵西进追击沐天波，在楚雄被杨畏知击退。随后，沙定洲转而收服云南各地，短期内除了楚雄以西地区，几乎全滇归附。他不仅夺取了沐府“二百五十余库”的巨额财富，“累月不绝”地运回本峒，更软禁了在籍的隆武朝大学士王锡衮，胁迫云南巡抚吴兆元等上疏朝廷，诬告沐天波造反，请求由自己代镇云南。王锡衮在失去自由期间所写的文字，痛斥沙定洲为“贼党”，揭露了其胁迫官员、伪造奏疏的行径，成为后世辨明是非的关键史料。
当云南深陷沙氏之乱时，中国局势正发生剧变。1647年初，张献忠在四川西充战死，大西军余部在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四将军领导下，面临清军追击与南明封锁的绝境。他们果断南撤，击破重庆明军，渡过长江，进入贵州，并整肃内部，处决了阻碍政策调整的张献忠遗孀及宰相汪兆龄，确立了四将军领导体制，严明军纪，赢得了喘息之机。
此时，云南沙定洲叛乱的消息传来。大西军领导层与云南早有渊源，张献忠谷城受抚期间曾与云南石屏土司将领龙在田关系密切。龙在田在沙乱中支持沐天波，此时派人联络大西军，告知云南情势并劝其入滇。孙可望等人审时度势，决定进军云南。为减少阻力，他们巧妙散布消息，自称是沐天波妻族焦氏请来复仇的军队。这一策略效果显著，云南饱受沙乱之苦的官民竟“延颈望其来”，使得大西军入滇之路“全无梗阻”。
1647年三月，大西军进入云南，连克平彝、曲靖。他们避实击虚，佯攻沙定洲老家阿迷州，迫使沙定洲于四月放弃昆明，逃回蒙自佴革龙山地。大西军兵不血刃进入昆明，纪律严明，“秋毫无犯”。
随后，大西军四将军分兵平定四方。李定国南下攻克临安府；刘文秀北上平定滇西北；孙可望则西征楚雄。在禄丰，孙可望击败并俘获了坚守明朝正统的杨畏知。经过谈判，双方达成“不用大西年号、不妄杀人、不焚庐舍淫妇女”的协议，这为大西军后来联明抗清奠定了基础。借助沐天波的影响力，迤西各土司纷纷归附。至1647年十月，云南大部已定，仅沙定洲残部据守佴革龙，东川土司禄氏观望。
1648年，大西军展开最后清剿。艾能奇在征讨东川时中毒箭身亡，所部最终平定东川。同年下半年，李定国、刘文秀率军南征，围困沙定洲于缺水的佴革龙山寨。沙军饥渴难耐，最终投降。沙定洲、万氏等首脑被押解至昆明处决，标志着沙普之乱的彻底平定。
平定叛乱后，大西军（此时逐渐转向拥明）在云南休养生息，整顿吏治，发展生产，使云南在明末乱世中获得了一段难得的安定时期，为其后来成为南明抗清的重要基地奠定了坚实基础。这段由“流寇”平定“土叛”，并最终经营一方、联明抗清的历史，充满了戏剧性与历史深意。
