东晋末年，朝堂之上暗流涌动。权臣桓温把持朝政，废立皇帝如同儿戏。他先是逼褚太后废掉海西公司马奕，又扶立会稽王司马昱为帝，同时对朝中势力进行大清洗，武陵王司马晞被流放，显赫一时的庾氏和殷氏两大家族也惨遭诛戮。在这样的高压之下，简文帝司马昱整日提心吊胆，生怕自己随时被废，在位不到两年便忧郁而终。
简文帝驾崩后，群臣忌惮桓温的淫威，对是否拥立太子司马曜继位犹豫不决。关键时刻，尚书仆射王彪之挺身而出，坚持按制度办事，司马曜才得以顺利登基。桓温原本以为简文帝会将皇位禅让给自己，最低限度也能像周公那样摄政，结果如意算盘全部落空，心中愤懑不已。但此时桓温已年老多病，无力举兵篡位，只能屯兵姑孰，想用武力威胁朝廷给他加九锡。好在谢安等人故意拖延，九个月后桓温病重身亡，年仅十一岁的司马曜就这样熬过了继位后的第一场政治危机。
桓温虽死，桓氏家族在东晋政坛依然盘根错节，影响力不容小觑。桓豁、桓冲、桓石秀等人分别担任荆州、扬州、江州等地的军政要职，势力遍布长江中上游。幸运的是，当时前秦正对益州、荆州和淮南用兵，桓氏家族的精力被大大牵制，东晋因此获得了一段难得的喘息之机。
到383年淝水之战爆发前，以谢安为首的东晋高层不仅稳住了国内局势，还打造了一支由中央政府直接掌控的精锐部队——北府兵。正是这支新军，在淝水之战中一举击溃前秦天王苻坚一统天下的雄心。淝水大捷不仅保住了东晋的江山，也让朝局发生了微妙变化。桓氏家族的掌舵人桓冲于384年病逝，困扰东晋多年的荆扬之争就此化解。与此同时，谢安的权力被孝武帝安排胞弟司马道子逐步分割，加上谢安本人名士风度，不愿陷入权力争斗。387年，一代名相谢安病逝，他所节制的徐、青、兖三州也被皇族司马道子和司马恬瓜分。至此，司马曜终于收回了皇权，完成了东晋八代皇帝都未能实现的夙愿，这一年他仅二十五岁。
然而，手握大权的司马曜并未趁前秦分裂之际北伐中原，反而让东晋再次陷入内斗的泥潭。谢安之后，皇族司马道子执政，随着其权势日益膨胀，司马曜开始有意压制弟弟的专权，兄弟关系急剧恶化。与此同时，司马曜生性嗜酒，常常流连内殿，清醒的时候少，外人很少能见到他。他的死因也因此蒙上了一层扑朔迷离的色彩。
据史料记载，一次司马曜与最宠爱的张贵人宴饮，酒酣耳热之际，他对年近三十的张贵人开了句玩笑：“汝以年亦当废矣，吾意更属少者。”意思是说，按你的年龄也该被废了，哪天我就找个年轻漂亮的来替代你。张贵人听后妒火中烧，而烂醉如泥的司马曜却毫无察觉。思来想去，张贵人动了杀心。当晚，她故意灌醉司马曜身边的宦官，然后召来宫女，趁司马曜熟睡之际，用被子将他活活捂死。第二天，张贵人对外谎称孝武帝死于梦魇。令人费解的是，东晋朝廷对此事竟然毫无反应。史书上说：“时太子暗弱，会稽王司马道子昏荒，遂不复推问。”一代帝王就这样窝囊地死在了宠妃手中，实在令人唏嘘。
