当准噶尔部的噶尔丹如虎狼般崛起于西北，清廷内部出现了截然不同的声音。部分朝臣以路途遥远、补给困难为由，主张暂缓出兵。然而康熙皇帝深知，边疆不稳则国本动摇，绝不能因一时苟安而遗患后世。他力排众议，于康熙二十九年（1690年）二月毅然决定御驾亲征，并部署两路大军：以和硕裕亲王福全为抚远大将军，皇长子胤褆为副；以和顺恭亲王常宁为安北大将军，简亲王雅布等为副，拉开了平定准噶尔的序幕。
康熙帝虽因途中患病暂返京师，但前线战略皆由其亲自运筹。然而，左路军因内部不和延误战机，导致右路军孤军遇敌，被迫南撤。噶尔丹趁势进占乌兰布通，并依地形布下著名的“驼阵”——以万驼缚腿覆毡，构成移动堡垒，使清军初战受挫，佟国纲等将领阵亡。康熙帝急调炮兵营携红衣大炮驰援，炮火轰击下驼阵溃散，清军逆转战局。可惜主帅福全中了噶尔丹的缓兵之计，未能乘胜追击，使得噶尔丹残部得以北遁，留下隐患。
败退科布多的噶尔丹虽遭侄儿策妄阿拉布坦抄掠，却未死心。他一面休整部众，一面试图联络沙俄，并于康熙三十四年再度进犯喀尔喀。朝中又起争议，但康熙帝采纳将军费扬古之议，决意二次亲征，以绝后患。此次他做了更周密的部署：分东、中、西三路大军，形成合围之势。中路由康熙亲率，直趋克鲁伦河；西路由费扬古领军截敌退路；东路则协同策应，展现其卓越的战略眼光。
行军途中，中路军孤军深入，又闻俄军来援的传言，群臣劝康熙后撤。康熙帝严词斥责，并巧妙分兵制造疑阵。当噶尔丹登高望见御营旌旗如林、军容鼎盛，方信皇帝真已亲征，心理防线崩溃，弃营夜逃。康熙帝率轻骑狂追五日，同时严令费扬古疾驰设伏，展现了其决断力与军事节奏的掌控。
费扬古昼夜兼程，抢先抵达昭莫多（今蒙古乌兰巴托附近），依地形布下口袋阵：步军列阵于东，骑兵隐于河岸丛林。他派小股骑兵诱敌，将噶尔丹主力引入伏击圈。双方激战整日，胜负未分。费扬古敏锐察觉敌军后阵为辎重家眷，即遣精骑突袭，致其阵脚大乱。清军四面合围，斩敌三千，噶尔丹之妻阿奴战死，仅余数骑逃窜。此役彻底粉碎准噶尔主力，成为康熙平定漠北的关键一仗。
昭莫多之战不仅是军事上的胜利，更是清朝边疆战略的转折点。康熙帝通过此战确立了中央对漠北蒙古的统治权威，为此后“康乾盛世”的疆域整合奠定基础。战役中清军展现的火炮运用、多路协同及心理攻势，亦成为古代战争史上的经典案例。而噶尔丹的败亡，则标志着游牧势力对中原王朝最后一次大规模冲击的终结，东亚权力格局由此重塑。
