朱元璋在称吴王后，立即将李善长擢升为右相国。李善长凭借对历代典章制度的深刻理解，迅速建立起高效的行政体系。他不仅擅长文书诏令的撰写，更在朱元璋亲征时承担起稳固后方的重任。在其治理下，后方官吏井然有序，百姓安居乐业，军需粮饷的转运调度从未短缺，为前线战事提供了坚实保障。
面对战乱后的经济凋敝，李善长推行了一系列关键改革。他主持实施两淮盐业专卖，制定新的茶法，这些政策并非简单照搬前朝旧制，而是在剔除元代弊政的基础上精心设计而成。随后推行的钱法改革、矿产开发与铜钱铸造，更使得明朝初年的财政日益充盈。这些措施不仅充实了国库，更促进了民间经济的复苏，为王朝稳定打下物质基础。
在战乱时期，军队曾沿用严酷的连坐法令。朱元璋曾就此询问李善长，李善长趁机建议除谋逆大罪外废除亲属连坐制度。此后他受命与刘基等人主持编订新法律条文，这些立法工作成为后来《大明律》的重要基础，标志着明朝从“以武立国”向“以法治国”的过渡。
明朝建立后，李善长承担了王朝礼仪制度建设的重任。从皇家祭祀仪典、百官朝贺程序，到官员服丧规制、六部官制确立，几乎所有的典章制度都经由他主持制定。他还监修《元史》，编纂《祖训录》《大明集礼》等奠定明朝意识形态的重要文献。当朱元璋巡视汴梁时，李善长留守南京全权处理朝政，其治国能力得到充分展现。
洪武三年大封功臣时，李善长虽无显赫军功，却被朱元璋列为六公爵之首。皇帝公开将他比作汉代萧何，盛赞其“供给军粮，功甚大”。获封韩国公、赐铁券、子孙世袭的殊荣，充分体现了其在明朝建立过程中不可替代的治理之功。李善长以其卓越的行政才能，真正实现了从乱世到治世的平稳过渡。
李善长的治国理念深刻影响了明朝初年的政治格局。他注重制度延续性与创新性的结合，既吸收前朝经验又革除积弊；既强调中央集权又关注民生恢复。这种务实稳健的施政风格，为“洪武之治”的出现创造了条件，也奠定了明代近三百年统治的制度基础。其治国实践证明，卓越的后勤保障、健全的法律体系与合理的典章制度，与战场上的胜利同等重要。
